Sur le terrain
Conception scientifique
Votre question définit le point de départ. Ensemble, nous précisons les objectifs et les approches à mobiliser.
En pratique
Appui bibliographique, définition des objectifs et des indicateurs.
ADN environnemental · Génomique · Bioinformatique
Lire l’ADN du vivant. Éclairer vos décisions.
ADN environnemental, génomique des populations, microbiomes et bioinformatique : nous concevons et réalisons vos analyses, du prélèvement à l’interprétation, pour la biodiversité, l’aquaculture, l’agriculture et les études d’impact.
+10 ans
d’expérience pour notre équipe scientifique
Deep Tech
entreprise labellisée par Bpifrance
De A à Z
du prélèvement à l’aide à la décision
Station Ifremer
une équipe implantée à Palavas-les-Flots
Comprendre pour agir
De l’échantillon à la décision.
Un échantillon contient bien plus que de l’ADN. Il porte une information sur les espèces, les populations et les écosystèmes. Notre rôle : vous aider à la comprendre et à l’utiliser.
LDgenX accompagne les acteurs publics et privés sur toute la chaîne scientifique. Nous associons biologie moléculaire, séquençage et bioinformatique autour d’une même question : la vôtre.
Modèle 3D d’après « DNA », LucasPresoto (nouvel onglet), CC BY 4.0, adapté
- Conception scientifique. Votre question définit le point de départ. Ensemble, nous précisons les objectifs et les approches à mobiliser. Appui bibliographique, définition des objectifs et des indicateurs.
- Stratégie d’échantillonnage. L’information commence sur le terrain. Le choix des matrices et la stratégie de prélèvement sont pensés pour votre problématique. Eau, sol, sédiments ou biofilms. Pompe triple, stick pump et torpille tractée pour la filtration sur le terrain.
- Analyses moléculaires. La biologie moléculaire fait le lien entre vos échantillons et les données. De l’extraction d’acides nucléiques sur matrices complexes à la préparation de banques de séquençage.
- Séquençage & dPCR. Amplicons, génomes ou détection ciblée : les technologies sont choisies en fonction des objectifs scientifiques. Longs fragments (Nanopore, PacBio) et courts fragments (Illumina, AVITI), séquençage ciblé et microsatellites (qPCR, Sanger, KASP), PCR digitale.
- Bioinformatique. Les données sont traitées et analysées au moyen d’approches bioinformatiques adaptées à votre question biologique. Bioinformatique et biostatistique : métabarcoding, métagénomique, RADseq, RNAseq, WGS, épigénétique, GWAS.
- Interprétation. Nous replaçons les analyses dans leur contexte biologique pour vous accompagner dans la compréhension des résultats. Interprétation et valorisation des résultats dans un rapport expert.
- Aide à la décision. La connaissance scientifique devient une information exploitable pour vos projets de gestion, de conservation ou d’innovation. Des résultats actionnables pour la prise de décision.
Nos expertises
Comprendre le vivant, à toutes ses échelles.
Des expertises complémentaires, mobilisées selon votre question scientifique et les spécificités de votre projet.
Également : Recherche & Développement · Matériel d’échantillonnage
Toutes nos expertisesVos terrains d’application
Une même science. Tout un monde d’applications.
Explorez votre environnement.
Application
Biodiversité & Conservation
Espèces protégées et invasives, diversité génétique, connectivité, réintroductions.
La génomique en pratique
Des questions concrètes. Des approches scientifiques.
ADN environnemental
Lire la biodiversité des ports et des estuaires.
- Commanditaire
- Agence de l’eau Artois-Picardie
- Réalisation
- Groupement Qualyse, LDgenX et Prelevmar
La question posée
« Comment améliorer la connaissance de l’ichtyofaune et comparer l’ADNe aux méthodes classiques d’acquisition de données ? »
L’approche
Des échantillons d’eau sont prélevés sur le terrain, dans les ports et les estuaires de la façade maritime.
Les échantillons sont analysés par ADN environnemental, pour améliorer la connaissance de l’ichtyofaune.
L’étude met l’ADNe en regard des méthodes classiques d’acquisition de données.
Ce que l’étude apporte
Des données sur la répartition des espèces, et une réflexion nourrie sur l’usage de l’ADNe pour la surveillance des milieux aquatiques.
Contraintes du milieu soulignées par la publication
Choisissez-en une pour la voir agir sur la carte.
Les huit sites échantillonnés, du nord au sud
Emplacements indicatifs, d’après la carte publiée avec l’étude. Animation illustrative : les particules et leurs mouvements ne représentent aucune mesure de l’étude. Trait de côte © contributeurs OpenStreetMap (nouvel onglet).
D’autres questions, d’autres approches
La recherche comme moteur
Explorer aujourd’hui. Éclairer demain.
À la croisée de l’ADN environnemental, du séquençage et de la bioinformatique, nous développons les outils de connaissance de la biodiversité de demain.
Découvrir notre R&DRecherche soutenue par Bpifrance et Créalia Occitanie.
Références & écosystème
Ils travaillent avec nous.
Agences publiques, bureaux d’études, entreprises, universités et instituts de recherche : les organisations présentées par LDgenX.
Découvrir nos partenairesOrganisations qui nous font confiance
- Agence de l’eau Artois-Picardie
- Biotope
- Qualyse
- Groupe Barba
- Fédération Nationale des Chasseurs
- Université de Corse
- EPHE
- Line Up Ocean
- Plastic at Sea
- Pays de l’Ours – ADET
Écosystème scientifique
- Ifremer
- INRAE
- CNRS
- Université de Montpellier
- MARBEC
Soutiens & accompagnement
- Bpifrance · Label Deep Tech
- Créalia Occitanie
- Pôle Mer Méditerranée
- INRAE Start and Grow
- Initium
- Agrovallée
- Montpellier Business School
- Incubateur 1.618
- Celimer
- Pépite Deeptech
L’équipe scientifique
La science est aussi une histoire humaine.
Des parcours en recherche, des expertises complémentaires et une même envie : mettre la génomique au service du vivant.
Rencontrer l’équipe
Dr Maeva Leitwein
Cofondatrice · Génomique des populations
Spécialisée en génomique et en épigénomique, Maeva étudie la diversité, l’adaptation et les interactions entre populations naturelles et domestiques. Elle met son expérience de recherche au service des questions de conservation et de gestion.
Dr Emilie Delpuech
Cofondatrice · Bioinformatique
À la croisée des sciences du vivant et de l’informatique, Emilie développe des approches d’analyse de données omiques. Son parcours en génétique animale et en sélection génomique nourrit les analyses spécifiques aux projets.
Maxime Lambert
Ingénieur laboratoire · Biologie moléculaire
Maxime apporte son expertise en extraction d’acides nucléiques, préparation de banques et séquençage longue lecture. Il conçoit et adapte les approches expérimentales aux questions scientifiques.
Parlons de votre projet
Votre question. Notre prochain point de départ.
Un projet en biodiversité, génomique ou bioinformatique ? Décrivez votre besoin pour recevoir une proposition, ou réservez un premier échange avec notre équipe scientifique.
Ou écrivez-nous : info@ldgenx.fr